Konoha prit part aux trois premières guerres ninjas. Hashirama Senju mourut pendant la Première Grande Guerre Shinobi, alors son frère devenut le deuxième Hokage. Le deuxième du nom mourut également pendant la guerre, tué par des ninjas de Kumo, mais il nomma Hiruzen Sarutobi comme son Successeur avant sa mort.
Hiruzen, le troisième Hokage, conduisit plus tard les forces de Konoha lors de la deuxième Grande Guerre Shinobi. Les batailles prirent majoritairement place dans la région d'Ame, causant de nombreuses échaufourées avec Hanzô, le chef du village d'Ame. Des décennies plus tard, Konoha fut impliqué dans la troisième Grande Guerre Shinobi. Konoha combattit Iwa, en utilisant Kusa pour champ de batailles. Konoha fut presque vaincu, mais Namikaze Minato contribua à tourner la Guerre en leur faveur.
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